Книга начинается путешествием доктора Кэтрин Элизабет Халси (англ. Catherine Elizabeth Halsey) и лейтенанта Джекоба Киса (англ. Jacob Keyes) на колонию Эриданус 2 17 августа 2517 года. Там они встретились с Джоном, шестилетним мальчиком которого они впоследствии выкрали для проекта SPARTAN-II. Всего было «завербовано» 75 детей с особым генетическим маркером обнаруженным доктором Халси. Оперативники ОФР похитили детей и замении их флэш-клонами, которые умерли через несколько месяцев от проблем с метаболизмом. Так как родители считали своих детей погибшими, то они и не пытались их найти.

История продолжается описанием жизни и тренировке Джона-117 (фамилии детей были отобраны, вместо них был дан порядковый номер; изначальных кандидатов было 150, из которых отобрали 75). Ответственным за тренировку детей был главный старшина Франклин Мендез. Джон вырос из молодого парня в уважаемого лидера спартанцев. Когда им было 14 (год 2525), Джон-117 и другие прошли биогенетические, кибернетические, психологические, и нейрологические улучшения которые превратили их в смертоносных суперсолдат. Но из 75 детей, только 33 выжили операции и получили полный эффект от улучшений. Тридцать спартанцев погибло во время и после процедуры, а 12 стали калеками (хотя всё ещё могли служить в других отделах ОФР). Проект МЬЁЛЛНИР - сверх-современный экзоскелет специально разработанный для улучшенных спартанцев - был представлен Джону-117 на планете Хи Кита 4 27 ноября 2525 года. Модель 4 брони ещё больше улучшила боеспособность этих солдат. Джон-117 получил звание мастера старшины (англ. Master Chief Petty Officer). После этого его стали просто звать Master Chief.

После этого читателю представляются ковенанты и их начальные атаки внешних колоний. 23 февраля 2525 года, ККОН потеряло связь с планетой Урожай (англ. Harvest) после того как колония сообщила о появлении в системе неизвестного объекта. ВКАОН послало разведывательный корабль «Арго» чтобы разузнать обстановку, но после первого сообщения о прибытии в систему Урожая сообщений от него не поступило. В то время, 12 сентября 2525 года, спартанцы получили своё первое официальное задание - внедрение в базу колониальных повстанцев в системе Эриданус и поимка лидера повстанцев полковника Роберта Ваттса. Задание было окончено успешно. 7 октября 2525 года, небольшой флот кораблей ККОН, состоящий из эсминца «Геракл» под командованием капитана Вереди и фрегатов «Арабия» и «Восток», вошёл в систему Урожая и обнаружил что вся поверхность планеты была расплавлена в стекло плазменной бомбардировкой с орбиты. Единственный чужой корабль был обнаружен на орбите Урожая, который тут же напал на флот, уничтожив фрегаты и сильно повредив «Геракл». Корабль чужих послал сообщение по-английски, «Ваше уничтожение — воля Богов… и мы — их инструмент». 1 ноября 2525 года, вице-адмирал Престон Коул мобилизовал самый большой флот в истории человечества чтобы отбить Урожай от ковенантов. После того как новоть об атаке на Урожай достигла планеты Рич, старшина Мендез оставил своих бывших учеников и начал тренировать следующую группу спартанцев. 27 ноября 2525 года, спартанцы (в броне МЬЁЛЛНИР 4) уничтожили корабль ковенантов изнутри ядерной боеголовкой; при этом погиб один из членов команды, чья броня была пробита плазменным выстрелом. После этого, командование приняло решение о том что статус спартанцев в базе данных никогда не будет «убит»; вместо этого, все погибшие спартанцы считаются «пропавшими без вести» чтобы поддерживать моральный дух остальных солдат, которые считают спартанцев неуязвимыми.

Через шесть лет, в 2531 году, флот вице-адмирала Коула атаковал и уничтожил корабль напавший на Урожай (потеряв при этом две трети своего флота). Вернувшись на Землю, теперь уже адмирал Коул узнал что другие внешние колонии были уничтожены ковенантами. Коул начал перемещать свой флот по колониям, пытаясь перехватить силы ковенантов. Начались ожесточённые наземные и космеческие битвы по всем внешним колониям. За четыре года войны, силы Коула были сильно исчерпаны ковенантами, несмотря на его превосходное лидерство и тактический гений. Просто силы ККОН не имели достаточной огневой мощи чтобы наравне противостоять ковенантам. При боях в космосе, потери ковенантов обычно составляли одну четверть потерь людей. В 2535 году, все Внещние колонии были уничтожены врагом. Командование флота установило Протокол Коула: все человеческие корабли обязаны во что бы то ни стало убедится в том чтобы ковенанты не установили координаты Земли. Уходя с поля боя, корабли обязаны прыгать в другом направлении от Земли. Если такой прыжок не был возможен, капитан был обязан самоуничтожить корабль при возможном его захвате ковенантами. Также, системы ИИ не могли попасть в руки чужих, поэтому протокол требовал забирание либо уничтожение ИИ при особой необходимости.

Спартанцы были разпределены по всему фронту для борьбы с врагом, но всё равно более продвинутые ковенанты продолжали уничтожать человеческие колонии одну за другой. Начиная с 2536 года, силы ковенантов атаковали Внутренние колонии.

17 июля 2552 года, мичман Уильям Ловелл на сканерующей заставе «Архимед» обнаружил флот ковенантов в системе Сигма Октанус. Коммандеру Джекобу Кису на борту эсминца «Ирокез» пришлось драться с четырьмя средними кораблями ковенантов (два фрегата, один эсминец, и один космоносец); он смог уничтожить трёх из них используя тактический приём позже названный «Петлёй Киса». Выживший космоносец вышел на орбиту Сигмы Октанус 4 и высадил десант который захватил город Лазурный Берег. Сразу после этой битвы, Кис был получил звание капитана по приказу адмирала Стэнфорта. Спартанцы вместе с пехотой ККОН пытались отбить наземные силы ковенантов от города, но им пришлось его уничтожить ядерным оружием. Взрыв уничтожил почти весь десант ковенантов. В это время, более сорока кораблей ККОН вступили в бой с двадцатью кораблями ковенантов. Семь человеческих кораблей выжило. «Ирокиз» уничтожил невидимый корабль принимающий передачу с поверхности планеты. Сразу после этого, семеро выживших кораблей ковенантов покинули систему. «Ирокиз» вернулся на Рич, но никто не заметил небольшой зонд ковенантов на внешней обшивке корабля.

27 августа 2552 года, капитан Кис был переведён на модифицированный крейсер «Столп Осени» для тайного задания. Во время битвы в Лазурном Берегу, солдаты обнаружили таблицу с неизвестными иероглифами на ней. Доктор Халси и её электронная копия Кортана извлекли из них координаты для прыжка. Все спартанцы были отозваны на Рич для нового задания - захвата корабля ковенантов, путешествие в родной мир чужих, и захват их лидеров. Master Chief также получил нейронное улучшение и новую броню пятой модели, которая включала в себя генератор энерго-щита, созданную на базе щитов ковенантов. Это нейронное улучшение позволяло ИИ быть помещённым в броне спартанца.

30 августа 2552 года, огромный флот ковенантов, используя зонд прикреплённый к «Ирокизу», выпрыгнул вблизи планеты и напал на силы ККОН. Спартанцы были разделены на две команды: Синяя и Красная. Master Chief и другие члены Синей команды (Линда и Джеймс) были посланы уничтожить навигационную систему одного из кораблей чтобы та не попала в руки ковенантов. Джеймс был убит, а Линда получила сильные ранения и, вместе с Джоном, попали на «Столп Осени» перед тем как корабль прыгнул с поля боя. Линда была помещена в анабиоз (где она и оставалась во время первой игры). О Красной команде, которая была послана на поверхность, ничего не было известно, но ковенанты бомбардировали колонию с орбиты плазменными торпедами. Падение Рича стало монументальным случаем в истории человечества, ведь Рич считался неприступной цитаделью.

Роман заканчивается началом первой игры. Хотя прыжок корабля должен был быть случайным, Кортана использовала координаты с чужой таблицы, что и привело Master Chief’а к Halo.

Главное не сила, а правильный вектор её приложения.